در عرف مردم ایران، شیخ بهایی به مهارت در ریاضی و معماری و مهندسی معروف بوده و هنوز هم به همین صفت معروف است، چنانکه معماری مسجد امام اصفهان و مهندسی حصار نجف را به شیخ بهایی نسبت می‌دهند؛ و نیز شاخصی برای تعیین اوقات شبانه روز از روی سایه آفتاب یا به اصطلاح فنی، ساعت آفتاب یا صفحه آفتابی و یا ساعت ظلی در مغرب مسجد امام (مسجد شاه سابق) در اصفهان هست که می‌گویند وی ساخته است.

در احاطه شیخ بهایی در مهندسی مساحی تردید نیست و بهترین نمونه که هنوز در میان است، نخست تقسیم آب زاینده رود به محلات اصفهان و قرای مجاور رودخانه است که معروف است هیئتی در آن زمان از جانب شاه عباس به ریاست شیخ بهایی مأمور شده و ترتیب بسیار دقیق و درستی با منتهای عدالت و دقت علمی در باب حق آب هر ده و آبادی و محله و بردن آب و ساختن مادی‌ها داده اند که هنوز به همان ترتیب معمول است و اصل طومار آن در اصفهان هست.

از دیگر کار‌های علمی که به شیخ بهایی نسبت می‌دهند طرح ریزی کاریز نجف آباد اصفهان است که به نام قنات زرین کمر، یکی از بزرگترین کاریز‌های ایران است و از مظهر قنات تا انتهای آبخور آن ۹ فرسنگ است و به ۱۱ جوی بسیار بزرگ تقسیم می‌شود و طرح ریزی این کاریز را نیز از مرحوم شیخ بهایی می‌دانند.
ازدیگر کار‌های شیخ بهایی، تعیین سمت قبله مسجد امام به مقیاس چهل درجه انحراف غربی از نقطه جنوب و خاتمه دادن به یک سلسله اختلاف نظر بود که مفتیان ابتدای عهد صفوی راجع به تشخیص قبله عراقین در مدت یک قرن و نیم اختلاف داشته اند.


یکی دیگر از کار‌های شگفت که به شیخ بهایی نسبت می‌دهند، ساختمان گلخن گرمابه‌ای که هنوز در اصفهان مانده و به حمام شیخ بهایی یا حمام شیخ معروف است و آن حمام در میان مسجد جامع و هارونیه در بازار کهنه نزدیک بقعه معروف به درب امام واقع است و مردم اصفهان از دیر باز همواره عقیده داشته اند که گلخن آن گرمابه را بهائی چنان ساخته که با شمعی گرم می‌شد و در زیر پاتیل گلخن فضای تهی تعبیه کرده و شمعی افروخته در میان آن گذاشته و آن فضا را بسته بود و شمع تا مدت‌های مدیدهمچنان می‌سوخت و آب حمام بدان وسیله گرم می‌شد و خود گفته بود که اگر روزی آن فضا را بشکافند، شمع خاموش خواهد شد و گلخن از کار می‌افتد و، چون پس از مدتی به تعمیر گرمابه پرداختند و آن محوطه را شکافتند، فوراً شمع خاموش شد و دیگر از آن پس نتوانستند بسازند. همچنین طراحی منارجنبان اصفهان که هم اکنون نیز پا برجاست به شیخ بهایی نسبت داده می‌شود