پدر آیت الله دکتر سید ابراهیم رئیسی بنام سید حاجی رئیس الساداتی از سیره سادات خدادادی و از بخش جزینک شهر زابل و مادرش سیده عصمت دختر حجه الاسلام سید موسی خدادادی حسینی نیز از سادات خدادادی منطقه جزینک شهر زابل بوده است. از این رو نسبتش از هر دو طرف به حضرت زید بن علی بن الحسین(ع) می رسد.
حجه الاسلام سید حاجی رئیس الساداتی در اواخر قرن سیزدهم هجری شمسی برای ادامه تحصیل در علوم حوزوی از شهر زابل به مشهد مقدس مهاجرت می نماید و در این شهر اقامت می گزیند.
آیت‌الله سید ابراهیم رئیسی در آذرماه سال ۱۳۳۹ هجری شمسی  در شهر مشهد و در محله نوغان دیده به جهان گشود. وی در ۵ سالگی پدر خود را از دست داد. تحصیلات ابتدایی را در مدرسه جوادیه گذرانده و تحصیل در علوم حوزوی را در مدرسه نواب و سپس در مدرسه آیت الله موسوی‌نژاد شروع کرد. در سال ۱۳۵۴ جهت ادامه تحصیلات به حوزه علمیه قم، مدرسه آیت الله بروجردی رفت و مدتی نیز در مدرسه‌ای که با مدیریت آیت الله پسندیده و در واقع با نظر امام خمینی (ره) اداره می‌شد، اشتغال به تحصیل داشت.
آیت الله سید ابراهیم رئیسی در حوزه علمیه قم، اصول فقه را نزد آیت الله مروی، لمعتین را محضر آیت‌الله فاضل هرندی، رسائل را نزد آیت‌الله موسوی تهرانی، مکاسب محرمه را خدمت آیت الله دوزدوزانی، کتاب البیع مکاسب را نزد آیت‌الله خزعلی، خیارات مکاسب را نزد آیت الله ستوده و آیت‌الله طاهری خرم‌آبادی و کفایه را خدمت آیت‌الله سید علی محقق داماد، تفسیر قرآن کریم را نزد آیت الله مشکینی و آیت الله خزعلی، شرح منظومه و فلسفه را نزد آیت‌الله احمد بهشتی و دوره شناخت را نزد آیت الله مطهری و نهج البلاغه را محضر آیت الله نوری همدانی آموخت.
وی از درس خارج اصول آیت الله سید محمدحسن مرعشی شوشتری و آیت الله هاشمی شاهرودی و خارج فقه آیت الله آقا مجتبی تهرانی و آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انفلاب استفاده کرده است علاوه بر این، وی با اتمام دوره سطح حوزه توانست به دوره کارشناسی ارشد رشته حقوق خصوصی راه یافته و پس از دفاع از پایان نامه خویش با عنوان «ارث بلا وارث» در سال تحصیلی ۱۳۸۰ با قبولی در کنکور دکترای مدرسه عالی شهید مطهری در رشته فقه و حقوق خصوصی ادامه تحصیل دهد.
آیت الله سید ابراهیم رئیسی با تکمیل تحقیقات خود در حوزه فقه و حقوق، موفق به اخذ مدرک عالی‌ترین سطح آموزشی حوزه (سطح چهار) شد و در نهایت رساله دکترای خود را با عنوان «تعارض اصل و ظاهر در فقه و حقوق» دفاع کرد.
آیت الله رئیسی بدنبال هتک حرمت امام خمینی (ره) در روزنامه اطلاعات و آغاز حرکت‌های مردمی، در اجتماعات اعتراضی که مبدأ اغلب آن‌ها مدرسه آیت الله بروجردی (مدرسه خان) بود، شرکت داشته و در قالب هسته‌ای از طلاب انقلابی فعالیت می‌نمود. وی در این دوران فعالیت‌های مبارزاتی خود را در قالب ارتباط برقرار کردن با علمای انقلابی که از زندان آزاد شده بودند و یا در تبعید به سر می‌بردند پی گرفت.
همچنین در تجمعاتی مثل تحصن علما و روحانیون در دانشگاه تهران، شرکت داشت.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی، در دوره تربیتی خاصی که مرحوم شهید بهشتی جهت کادرسازی برای تأمین نیاز‌های مدیریتی نظام اسلامی برگزار می‌نمود، شرکت داشت.
وی به دنبال شورش‌های مارکسیستی و ایجاد مشکلات متنوع در شهر مسجد سلیمان، جهت شرکت در فعالیت‌های فرهنگی همراه با گروهی از طلاب عازم آن منطقه شد. پس از بازگشت از مسجد سلیمان، مجموعه سیاسی-عقیدتی پادگان آموزشی صفر- دو در شاهرود را تأسیس و برای مدت کوتاهی آن را اداره کرد.
ورود آیت‌الله رئیسی به عرصه مدیریت از سال ۱۳۵۹ و با حضور در جایگاه دادیاری شهرستان کرج آغاز و پس از چندی با حکم شهید آیت‌الله قدوسی، به سمت دادستان کرج منصوب شد.
موفقیت وی در ساماندهی وضعیت پیچیده این شهر موجب شد تا پس از دو سال خدمت در این جایگاه مهم (در سال‌های ۱۳۵۹، ۱۳۶۰) در سال ۱۳۶۱ همزمان با دادستانی کرج مسئولیت دادستانی شهر همدان را نیز عهده‌دار شود.
حضور همزمان وی در این دو مسئولیت برای مدتی ادامه یافت تا آنکه به عنوان دادستان استان همدان معرفی شد و از سال ۱۳۶۱ تا ۱۳۶۳ به مدت سه سال در این سمت خدمت کرد.
وی در سال ۱۳۶۴ به عنوان جانشین دادستان انقلاب تهران منصوب و به این ترتیب، دوره مدیریت قضایی وی در تهران آغاز شد. سپس وی مورد توجه حضرت امام خمینی (ره) قرار گرفت و احکام ویژه و مستقیمی را برای رسیدگی به مشکلات اجتماعی در برخی استان‌ها از جمله لرستان، کرمانشاه و سمنان از بنیانگذار انقلاب اسلامی دریافت کرد که این احکام در صحیفه امام ثبت شده است.