نام مبارک امام پنجم محمد بود. لقب آن حضرت باقر یا باقرالعلوم است، بدین جهت که دریای دانش را شکافت و اسرار علوم را آشکارا ساخت. القاب دیگری مانند شاکر و صابر و هادی نیز برای آن حضرت ذکر کرده‌اند که هر یک باز گوی صفتی از صفات آن امام بزرگوار بوده است. 

کنیه امام "ابو جعفر" و مادرش "فاطمه" دختر امام حسن مجتبی (ع) بود؛ بنابراین نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبر حضرت امام حسن (ع) و از سوی پدر به امام حسین (ع) می‌رسید. پدرش حضرت سیدالساجدین، امام زین العابدین، علی بن الحسین (ع) است. تولد حضرت باقر (ع) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57 هجری در مدینه اتفاق افتاد. 

در واقعه جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سید الشهداء کودکی بود که به چهارمین بهار زندگیش نزدیک می‌شد. دوران امامت امام محمد باقر (ع) از سال 95 هجری که سال شهادت امام زین العابدین (ع) است، آغاز شد و تا سال 114 هجری یعنی مدت 19 سال و چند ماه ادامه داشت. 

در دوره امامت امام محمد باقر (ع) و فرزندش امام جعفر صادق (ع) مسائلی مانند انقراض امویان و بر سر کار آمدن عباسیان و پیدا شدن مشاجرات سیاسی و ظهور سرداران و مدعیانی مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانی و دیگران مطرح است.